در زمان انوشیروان دانشگاه جندی شاپور مهمترین مرکز آموزشی بود. وقتی دانشگاه ادسا در سال 489 تعطیل شد نسطوریانی که از آنجا به ایران پناهنده شدند باعث غنی تر شدن سطح علمی این دانشگاه شدند. انوشیروان بر این نسطوریان ارج گذاشت. زمانیکه مدرسه افلاطونی آتن در سال 529 به فرمان جوسنتبان بسته شد، دانشجویان آتنی نیز به این دانشگاه آمدند. در این زمان دانشگاه جندی شاپور یک مرکز علمی و آمورشی بود که دانشجویان ایرانی ، یونانی، رومی، سریانی و هندی را در خود جای داده بود و آنها را تشویق می کرد که با هم تبادل اطلاعات کنند. این دانشگاه دارای یک بیمارستان برای یاد گیری علوم پزشکی بود و یک رصد خانه نیز داشت و همه آموزشها به زبان سریانی بود. تا اینکه شرق نزدیک از جمله ایران تحت تسلط اعراب در آمد. در سال 661 میلادی پس از مرگ علی ، دمشق به عنوان پایتخت پادشاهان اموی انتخاب شد. پادشاهان اموی هر چند که تحت تأثیر شعر و هنر یونان قرار گرفتند اما با وجود نزدیکی به بیزانس هیچ علاقه ای به فراگیری علوم یونانیان نداشتند. عربهای این دوره توصیه های پیامبر را برتر از همه آنچه توسط سریانیها و یونانیها اراده می شد می دانستند. بنابراین علاقه ای به فراگیری علوم نداشتند.

در سال 740 حکومت بنی امیه سرنگون شد و بنی عباسیان جای آنها را گرفتند. ایرانیانی که از ظلم بنی امیه به ستوه آمده بودند از عباسیان حمایت کردند. و زبان دولتی که در زمان امویان عربی بود همچنان در عهد عباسیان نیز عربی ماند. در زمان خلیفه دوم عباسی المنصور بود که خالد ابن برمک حاکم بین النهرین شد. بیشترین تأثیر ایرانیان در این دوره بود. جابر ابن حیان در این دوره علم کیمیا گری را با ترکیبی از عرفان ایرانی و هندی درآمیخت. جابر ابن حیان در دربار عباسیان قرب و منزلتی یافته بود. اما پس از اینکه برمکیان در سال 804 برافتادند، جابر ابن حیان هم از چشم دربار افتاد. المنصور در سال 762 بغداد را پایتخت خود قرار داد و دو ستاره شناس ایرانی به نامهای نوبخت و ماشاالله را به دربار خود برد و همچنین علوم یونانیان را بدون واسطه سریانیها به عربی ترجمه کرد. وقتی در سال 765 در بستر بیماری افتاد از شخصی به اسم جرجیس که رئیس دانشگاه جندی شاپور بود خواست تا او را مداوا کند. در نتیجه نسطوریان پزشکان رسمی دربار شدند. از این پس کتابهای علمی یونانیان مخصوصاً در زمینه پزشکی مورد توجه عربها قرار گرفت و در بغداد تدریس می شد.

در حالیکه دمشق نسبت به بغداد به بیزانس نزدیک تر بود اما هرگز امویان (مسلمانان اولیه صدر اسلام )هیچ علاقه ای به فراگیری علوم یونانیان نداشتند. پس از المنصور هارون الرشید و مامون نیز به ترجمه کتب یونانیان علاقه نشان دادند. مامون تحت تأثیر جنبش آزادی خواهانه معتزله قرار گرفت و مرکز تحقیقاتی به نام بیت الحکمت در بغداد تاسیس کرد و آثار بیشتری از یونانیان را به عربی ترجمه کرد. در این دوره کتابهای نجومی نیز به عربی ترجمه شد. خوارزمی ریاضی یونان و هند را با هم درآمیخت و آنچه را امروزه به آن جبر می گوییم ابداع کرد.